In Troebel Water leidt de Amsterdamse boekhandelaar Thomas Meerwijk een weinig opwindend bestaan. Hij bewoont een mooi grachtenpand met zijn moeder. Tot hij op Texel, tijdens een korte vakantie, de mooie Ellen ontmoet. Ze gaat studeren in Amsterdam en het leven van Thomas verandert grondig als hij haar voor tijdelijk een kamer aanbiedt in zijn huis. Thomas en Ellen kunnen goed met elkaar overweg, maar Thomas’ moeder heeft grote bezwaren tegen het verblijf van Ellen in haar huis.Door een ongeluk in het huis verliest Thomas iedere greep op zijn bestaan. Even lijkt het of hij de draad weer kan oppakken met behulp van Ellen en haar broer Mike, maar langzamerhand begint de twijfel weer toe te slaan als hij geconfronteerd wordt met inspecteur Bonnema, die hem na het ongeluk blijft achtervolgen.
